Os bandeirantes, desbravadores que saiam à frente de pequenas comitivas para explorar terras virgens, em busca de índios e minerais preciosos, contribuíram muito na fundação da cidade de Atibaia. Isso se deve ao fato que uma das rotas mais procuradas era a que levava aos tesouros das Minas Gerais. Como se tratava de uma vaigem longa e difícil, necessitava de diversas paradas para descanso e reabastecimento. Numa colina banhada por um rio ficava a primeira delas, onde hoje se localiza a cidade de Atibaia.
A fundação da cidade é datada de 24 de junho de 1665, quando Jerônimo de Camargo, bandeirante com grande conhecimento da região, após fixar-se no local e fundar uma fazenda de gado, construi no alto da colina uma capelinha sob a invocação de São João Batista. No mesmo período, padre Mateus Nunes da Siqueira chegou do sertão com um grupo de índios guarus catequizados e, por ordem da Câmara Municipal de São Paulo, instalou-os ao lado do sítio de São João Batista. O pequeno núcleo confirmou-se, então, como parada obrigatória para quem seguia em direção a Minas Gerais e o povoado começou a desenvolver-se lentamente.
Em 1679, a igrejinha passou a ter padre próprio - e, em 1687, recebeu a visita do Padre Providencial, que celebrou missa na localidade. Jerônimo de Camargo faleceu em Jundiaí, no princípio de 1707, mas seus descendentes deram continuidade ao trabalho nas fazendas de gado e à luta pela emancipação do vilarejo. Finalmente, por alvará de 13 de agosto de 1747, a aldeia tornou-se "freguesia" e assim nasceu o distrito de São João de Atibaia.
Em vista da falta de Justiça e de queixas recebidas, a corte portuguesa elevou o distrito de Atibaia à categoria de vila e município. Em 22 de abril de 1864 recebeu o título de cidade, mas foi em 20 de dezembro de 1905 que o município de São João de Atibaia passou a denominar-se apenas Atibaia.
Proclamada a Repúlica, iniciou-se para Atibaia uma fase de grande desenvolvimento, com uma sucessão vertiginosa de melhorias: a instalação de redes de água, esgoto e luz elétrica, as inaugurações do Grupo Escolar José Alvim e do Hotel Municipal, a criação da primeira indústria têxtil, o alargamento das ruas, o ajardinamento das praças. Todos esses fatores contribuiram para tornar a pequena vila na cidade de Atibaia que conhecemos hoje.